1942年，日本侵略军攻陷县城，校舍全部被毁。
1943年，开办县立初级中学，校址设在县城水熙门外后街湾张家祠。
1945年上半年，设在金溪县浒湾镇的私立振德中学（张抡元任校长）在余干县金埠村设余干分校，次年上半年迁黄金埠，假徐家柯为校舍。1946年，迁入眠牛山武子岗新建校舍。
1947年，玉亭中学有11个班（春秋二季招生），学生535人，教职员29人；县立中学有6个班，学生216人，教职员20人。
1948年，随总校迁往南昌。迁离时有5个班（初中一至三年级和高中一、二年级各1个班），学生200余人。
1949年9月，原县立中学（1943年创办）、县初级简易师范学校（1946年创办）和玉亭中学合并为余干县联合中学，校址为原玉亭中学。县教育科长王宁兼任校长，著名书画家彭友善任副校长。
1953年，改名为“江西省余干县初级中学”。
1958年，正式改名为“江西省余干中学”，恢复高中招生。
1978年，被定为江西省重点中学。
1992年，被省教委列为有保送资格的优秀重点中学。
2002年12月，获省首批外国专家聘任资格。
2004年5月，列为首批“江西省优质高中建设工程”项目学校。
2013年，江西省余干中学举行90周年校庆。[1-2]
截至2013年2月，学校有教学大楼3幢，实验楼1幢，图书馆1幢，藏书10万册；信息楼1幢，配有12个多媒体教室，200台计算机；膳食服务大楼可供4000人用餐；学生公寓四幢可容3000多人住宿；400米标准塑胶跑道田径运动场，篮球场8个，乒乓球台30个；信技大楼1幢，多功能文体馆1幢。
截至2013年2月，学校占地170余亩，建筑面积56235平方米；有教学班94个，学生6350余人。
截至2013年2月，学校有教职工310人，其中特级教师2人，全国优秀教师4人，全国模范教师3人，高级教师77人，一级教师95人，省、市、县优秀班主任26人，省、市学科带头人20余人，县级学科带头人28人。外教2人（美国教育专家Mr Erik Rush、菲律宾教育专家Mrs Rudilyn Raguindin） 。
特级教师（2人）：魏建宽、陈少昌
全国优秀教师（4人）：余富兴、童颜辉、魏建宽、陈少昌
全国模范教师（3人）：周鸿生、余富兴、童颜辉
高考成绩
2004—2012年高考一本上线1800人，二本5779人，录取清华、北大5人，进入复旦大学、浙江大学、上海交大、南京大学、中国人大、北京师范大学等全国名牌大学350余人。其中2012年，文史类上二本线（含一本线）有282人；理工类上二本线的有497人（含一本），余干中学二本（含一本）共有人数779人。
学科竞赛
截至2013年2月，该校有60多人获奥赛江西赛区一、二、三等奖。盛超兰同学获2009年生物奥赛江西省第一名并进入省集训队，代江西省参加第十八届全国生物学竞赛获铜牌奖，2010年直接保送（免试）进入上海交通大学；2010年张腾波同学获全国生物竞赛（江西赛区）一等奖，2011年保送入同济大学；2012年朱世正、左依慧、李敏等三位同学荣获全国中学生生物学联赛（江西赛区）一等奖。其中朱世正同学在省队选拔赛中，以排名第一的成绩，代表江西省参加第二十一届全国生物学竞赛获银牌奖。在全国中学生生物学联赛”（江西赛区）中，获团体总分二等奖。
2010-2013年，该校教师获得的教学科研成果有获奖论文：国家级26人次，省级38人次，市级69人次；科研立项结题：省级4项，市级10项；立项课题：国家级3项，省级10项，市级26项。
| 江西省物理奥赛团体优胜奖 江西省生物奥赛复赛资格学校 全国‘五四’红旗创建单位 全省德育先进学校 全省未成年人保护工作先进单位 江西省现代教育技术示范学校” 江西省第九届文明单位 全省宣传工作先进单位 江西省教育系统“规范管理年”先进集体 上饶市“高考质量优胜单位” 上饶市委授予“先进基层党组织” 中华全国总工会“模范职工之家” |
忠诚勤朴
含义：忠：忠于国、诚：诚于心、勤：勤于学、朴：朴于事
校徽中心为学校英文首写字母简称“YG”，形似小树苗，象征着该校学生茁壮成长。
校徽圆形边缘以中英文标明“江西省余干中学”，便于识别、记忆和交流。
校徽中心下方注明学校创建于1923年，表明学校的办学历史。
| 职务 | 姓名 |
|---|---|
| 校长 | 曹发兴 |
| 党总支书记 | 彭木善 |
| 副校长 | 盛流光、余光、艾志红 |
（表格内容资料来源： 2013年4月江西省余干中学官网）
原任中共中央政治局常委、中纪委书记吴官正
江西省人民政府副省长洪礼和
江西省军区副司令员蔡新贵将军
原福建军区副司令员朱光泉将军
原国家民委副主任吴仕民
著名画家彭友善
当代著名文学史专家、哈尔滨师范大学教授张志岳
国家级工艺大师秦锡麟
江西师范大学原校长李树源
江西省儿童医院原院长徐本源
北京大学医学博士生导师彭思奇
南昌大学第一附属医院博士生导师张剑教授
当代陶艺学院派领军人物白磊、白明兄弟
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